家養(yǎng)水貂腸道微生物多樣性分析.pdf

1、水貂是一種具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值的毛皮動(dòng)物，在長(zhǎng)期進(jìn)化過(guò)程中，形成獨(dú)特的消化方式。水貂腸道較短且直，構(gòu)造簡(jiǎn)單，消化道內(nèi)的消化酶主要是蛋白酶和臘肪酶，其他消化酶較少。消化道內(nèi)存在著大量的微生物群落，構(gòu)成復(fù)雜的微生物區(qū)系。這些微生物主要在大腸中參與輔助消化食物，包括細(xì)菌、古菌和寄生蟲(chóng)等，其中細(xì)菌占有絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。這些微生物及其代謝產(chǎn)物在營(yíng)養(yǎng)免疫等方面對(duì)宿主的健康有重要的意義。本項(xiàng)研究的目的旨在通過(guò)DGGE技術(shù)和高通量測(cè)序技術(shù)，確定水貂腸道內(nèi)的細(xì)菌種

2、類(lèi)，分析水貂腸道中的優(yōu)勢(shì)菌群，探討腸道菌群結(jié)構(gòu)與組成，了解水貂腸道菌群多樣性。揭示水貂采食習(xí)性特點(diǎn)，為篩選優(yōu)良基因，開(kāi)發(fā)新飼料資源提供理論依據(jù)。
　　本研究從中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院特產(chǎn)研究所動(dòng)物實(shí)驗(yàn)基地選取10只體重相近，健康雄性水貂，飼喂不添加抗菌素的傳統(tǒng)日糧，從分窩（7月）飼養(yǎng)至當(dāng)年12月取皮結(jié)束。在處死后，立即取出腸道內(nèi)容物，裝入已滅菌的凍存管中，放入液氮中速凍，并存放于-80℃冰箱中保存?zhèn)浞治觥?br>　　1.實(shí)驗(yàn)一分別利用QIA

3、ampDNA Stool Mini Kit提取方法，F(xiàn)astDNA SPIN Kit for feces提取方法以及溶菌酶提取法等三種不同方法，提取水貂腸道內(nèi)容物基因組DNA，并對(duì)提取效果進(jìn)行比較分析，結(jié)果表明:
　　(1)三種方法均能從水貂腸道內(nèi)容物中提取微生物基因組DNA，純化后基因組DNA可用于后續(xù)的分子生物學(xué)分析。
　　(2)但從時(shí)效與DNA獲得率考慮，F(xiàn)astDNA SPIN Kit for feces提取方法獲得

4、率最高且相對(duì)而言，較為快捷，因此后續(xù)分析中選取FastDNA SPIN Kit for feces方法提取水貂微生物基因組DNA。
　　2.實(shí)驗(yàn)二通過(guò)PCR-DGGE技術(shù)對(duì)10只水貂的十二指腸、空腸、回腸、結(jié)腸四個(gè)部位微生物多樣性進(jìn)行研究，結(jié)果表明，水貂的十二指腸、空腸、回腸、結(jié)腸的微生物種類(lèi)和數(shù)量有較大差異，隨著腸段向后延伸，細(xì)菌數(shù)量逐漸增多的，結(jié)腸是細(xì)菌豐度是最高的部位。
　　3.實(shí)驗(yàn)三利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)10只水貂遠(yuǎn)端

5、腸道微生物組成和多樣性進(jìn)行分析，結(jié)果表明:
　　(1)10只水貂的腸道微生物共得到146287序列，2936個(gè)OTUs，分類(lèi)屬于17個(gè)門(mén)，168個(gè)屬。
　　(2)水貂腸道細(xì)菌主要?dú)w類(lèi)為厚壁菌門(mén)(Firmicutes)、擬桿菌門(mén)（Bacteroidetes）、梭桿菌門(mén)(Fusobacteria)、變形菌門(mén)(Proteobacteria)、放線菌門(mén)(Actinobacteria)，其中厚壁菌門(mén)在水貂遠(yuǎn)端腸道中所占的比例最高，為5