GeXP系統(tǒng)在先天性心臟病相關基因突變篩查以及呼吸道病毒多重檢測中的應用.pdf

1、GenomeLabGeXP（GeneExpressionProfiler）多基因表達遺傳分析系統(tǒng)由美國貝克曼公司研發(fā)，最初主要用于研究多重基因表達定量分析。該平臺將多重聚合酶鏈反應（Polymerasechainreaction，PCR）技術和毛細管電泳技術相結合，只需一個反應即可從5ng~500ngRNA樣品中同時檢測多達35個基因表達豐度。GeXP系統(tǒng)一束八道的毛細管陣列設計充分利用96孔板的矩陣排列，在雙通道設置時可同時檢測高達1

2、92個樣品并且允許自動更換不同的方法，有利于質量控制及方法開發(fā)的應用；對毛細管進行液體制冷及利用半導體控溫系統(tǒng)，可得到精確的控溫和最好的分辨率；此外，GeXP系統(tǒng)備有紫外、兩極管矩陣及雙激光誘發(fā)螢光三種檢測器，能夠配合不同的應用。總體來說GeXP系統(tǒng)在很大程度上提高了檢測的靈敏度和速度，把基因表達研究提升到了一個更高的水平。
　　近年來，由于GeXP系統(tǒng)本身所具備的巨大優(yōu)勢它已廣泛應用于藥物毒力機制研究、擬南芥與鐵吸收相關多基因表

3、達調控、癌癥早期診斷研究、免疫治療、疾病分子分型、個體化用藥指導、多病原鑒定及其耐藥性突變檢測等醫(yī)學研究和臨床檢驗領域。本研究共分兩部分：第一部分使用GeXP系統(tǒng)同時檢測了8個先天性心臟病相關突變位點并分型，探討其與先心病發(fā)生的相關性；第二部分使用GeXP系統(tǒng)同時檢測呼吸道臨床樣本中的11種呼吸道病毒、肺炎支原體和肺炎衣原體并進行方法學評估。
　　第一部分GeXP多重PCR技術同時檢測8個先天性心臟病相關突變位點
　　目的：

4、建立基于GeXP平臺的多重基因分型系統(tǒng)，在同一PCR體系內同時檢測與先天性心臟?。ê喎Q先心?。┫嚓P的6個致病點突變及2個單核苷酸多態(tài)性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）并分型，探討其與先心病發(fā)生的相關性。
　　方法：選取與先心病相關的CRELD1、TBX20、GATA4、TBX5、NKX2-5及TBX1共6個已報道的致病點突變和MTHFR基因的兩個SNP位點設計特異性引物，建立GeXP多重PCR反

5、應體系，評價其特異性。收集2013~2014年在河北省兒童醫(yī)院心外科住院的256例先心病患兒和49例健康對照兒童血液標本，提取基因組核酸，使用所建立的方法進行基因分型，利用SPSS16.0統(tǒng)計軟件的卡方檢驗進行統(tǒng)計分析。
　　結果：16個等位基因和1個PCR反應內參均可在同一個體系中擴增，17個片段清晰分離，且特異性良好。本研究中未檢出CRELD1、TBX20、GATA4、TBX5、NKX2-5、TBX1基因的點突變，但MTHFR

6、基因rs1801133位點CC基因型在健康對照組和復雜先心病組之間的分布具有統(tǒng)計學意義（χ2=4.051,P=0.044,OR=0.211,95％CI0.041~1.092）。
　　結論：本研究中未檢出CRELD1、TBX20、GATA4、TBX5、NKX2-5、TBX1基因的單堿基突變，MTHFR基因rs1801133位點CC基因型與復雜先心病的發(fā)生可能相關，可用于先心病易感基因的篩查，并為孕婦產前檢查及新生兒出生缺陷的風險評估

7、提供遺傳學依據(jù)。
　　第二部分基于GeXP系統(tǒng)同時檢測11種呼吸道病毒、肺炎支原體和肺炎衣原體的應用及評估
　　目的：評估基于GeXP系統(tǒng)同時檢測11種呼吸道病毒、肺炎支原體和肺炎衣原體的多重PCR技術，即13重呼吸道病原檢測試劑盒（購自寧波海爾施基因科技有限公司）檢測臨床樣本的能力。
　　方法：使用該技術檢測302份取自河北省兒童醫(yī)院住院兒童的鼻咽吸取物標本，并使用中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所中心實驗室建立且

8、已經(jīng)過商業(yè)化xTAGRVP試劑盒檢測驗證過的GeXP多重檢測方法作為參考標準進行呼吸道病毒的平行驗證，肺炎支原體和肺炎衣原體的驗證分別采用實時熒光定量PCR法和Sanger測序法。
　　結果：對于呼吸道病毒的檢測，13重呼吸道病原檢測試劑盒的靈敏度、特異度、陽性預測值和陰性預測值分別為95.13%、84.21%、94.71%和85.33%（以GeXP多重檢測方法作為參考標準），兩種方法的一致率為92.38%，Kappa值為0.92