大腸癌致病基因篩選及KIT基因在大腸癌中的生物學功能研究.pdf

1、大腸癌是發(fā)病率及致死率皆高的常見惡性腫瘤，轉(zhuǎn)移和復發(fā)是患者死亡的主要原因。雖然大腸癌的診療技術(shù)隨著輔助化療和多學科協(xié)作治療的發(fā)展取得了長足的進展，但伴有轉(zhuǎn)移或復發(fā)大腸癌患者的預后并不理想。隨著基因技術(shù)的發(fā)展，利用高通量技術(shù)探尋大腸癌發(fā)展和轉(zhuǎn)移過程中的關(guān)鍵致病基因，尋找能為臨床診斷及用藥帶來價值的生物標記物，研究相關(guān)基因的生物學功能，為大腸癌的治療提供理論依據(jù)為目前研究的熱點。
　　本論文由以下三個部分內(nèi)容組成:
　　1、大腸

2、癌的分子診斷及分子頻譜研究
　　本研究共收集36例Ⅲ、Ⅳ期大腸癌患者的組織及外周血樣本，將樣本的DNA提取后利用Ion Proton高通量測序平臺進行靶向捕獲測序及生物信息學分析，發(fā)現(xiàn)在77.27％的患者中，基因突變在組織類型間表現(xiàn)相對一致，通過血液樣本進行的捕獲測序結(jié)果有可能作為精準診斷或者用藥指導的依據(jù)。在捕獲測序中，我們發(fā)現(xiàn)突變頻率較高的基因為TP53、KRAS、APC和KIT。接著，我們評估了外周血KRAS突變狀態(tài)與腫瘤分

3、期的相關(guān)性，外周血KRAS突變組與KRAS野生型組相比，伴隨更多的突變位點，與腫瘤分期存在一定的相關(guān)性，相比傳統(tǒng)臨床指標CEA、CA199等更有臨床診斷價值。
　　2、大腸癌中原發(fā)灶與轉(zhuǎn)移灶差異SNP與CNV的比較研究
　　收集3名患者的大腸癌原發(fā)灶和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移共計6例樣本。通過芯片檢測和生物信息學方法分析差異SNPs與CNVs。通過GO與KEGG分析，我們發(fā)現(xiàn)大腸癌原發(fā)灶和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移灶在細胞粘附和血管生成的生物學功能與信號

4、轉(zhuǎn)導通路上存在一定的差異，同時，發(fā)現(xiàn)大腸癌原發(fā)灶和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移灶間差異SNP引起編碼改變的基因有KIT、gHR，IL3和TSLP等基因。另外，我們發(fā)現(xiàn)并驗證了大腸癌原發(fā)灶與轉(zhuǎn)移灶上的三個差異CNVs(chr13:65798303-65883830;chr19:58540860-58570697; chr22:19966749-19985507)，這三個CNVs在大腸癌的原發(fā)灶和轉(zhuǎn)移灶中存在顯著差異，且這三個差異CNVs可能成為評估大腸癌發(fā)

5、展階段的生物標志物。
　　3、KIT基因在大腸癌中的生物學功能研究
　　在前期研究中，我們發(fā)現(xiàn)KIT基因的突變與大腸癌的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)，故而我們選擇KIT基因進行了細胞功能實驗進一步驗證其與大腸癌的關(guān)系。首先，我們利用qPCR比較了大腸癌組織和癌旁組織中的KIT的表達量，發(fā)現(xiàn)大腸癌組織KIT的表達量顯著高于癌旁組織。接著我們在細胞水平，利用siRNA載體敲除KIT基因，通過CCK-8和克隆形成實驗發(fā)現(xiàn)大腸癌細胞的增殖能力