基因組寡聚核苷酸信息特征分析及在分子系統(tǒng)學(xué)中的應(yīng)用.pdf

1、傳統(tǒng)的分子系統(tǒng)發(fā)育研究大多是基于單基因或部分基因組序列比對(duì)分析，隨著分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展，越來(lái)越多物種的全基因組已測(cè)序完成，這使得應(yīng)用基因組全序列中的信息進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析成為可能，而且有利用非比對(duì)的方法進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育研究的趨勢(shì)。 結(jié)合本實(shí)驗(yàn)室以往在寡聚核苷酸頻率保守性和用寡聚核苷酸頻率構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)等方面的研究成果，本論文嘗試以基因組全序列為分析對(duì)象，利用寡聚核苷酸在基因組全序列中組分和分布的信息差異計(jì)算物種間的進(jìn)化距離進(jìn)而構(gòu)建

2、系統(tǒng)樹(shù)。該方法的特點(diǎn)是利用基因組全序列，并通過(guò)非比對(duì)的手段計(jì)算距離矩陣。本研究通過(guò)計(jì)算同一寡聚核苷酸在基因組中的分布距離來(lái)計(jì)算不同物種間的差異，并且結(jié)合本實(shí)驗(yàn)室對(duì)寡聚核苷酸組分的研究結(jié)果構(gòu)建距離矩陣。此外，還將該方法用于構(gòu)建單基因樹(shù)，作為對(duì)比來(lái)分析有關(guān)算法的優(yōu)劣。同時(shí)，實(shí)驗(yàn)中也嘗試采用寡聚核苷酸組分在基因組全序列中不同區(qū)域的分布差異來(lái)構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)。本論文還通過(guò)分析基因組全序列中二核苷酸分布距離的狀況及其相關(guān)性，討論基因組全序列中的單鏈對(duì)稱

3、性問(wèn)題。 結(jié)果表明，利用寡聚核苷酸在基因組全序列中組分和分布的信息差異構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)的方法可以將科以下親緣關(guān)系較近的分類單元較好地聚類，用該方法構(gòu)建單基因樹(shù)如SSu rRNA則和傳統(tǒng)樹(shù)的樹(shù)形有很大相似性，特別是對(duì)于原核生物聚類效果比較好，說(shuō)明該方法有一定的可取之處。用寡聚核苷酸組分在基因組全序列中不同區(qū)域的差異構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)并沒(méi)有很大的改善，也是只對(duì)親緣關(guān)系比較近的分類單元聚類較好。本論文對(duì)有關(guān)結(jié)果的原因進(jìn)行初步的探討。此外，通過(guò)對(duì)所