PDB樣板庫的構建和Yeast基因組編碼區(qū)特征參數(shù)的研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、按照分辨率較高、同一性較低的標準,從PDB庫中選取高質量的蛋白質空間結構數(shù)據(jù),構建了精度高于2.5A、序列同一性低于25﹪的樣板數(shù)據(jù)庫SLCTBASE,其中有效殘基數(shù)近19萬.在構建庫過程中,對PDB原始數(shù)據(jù)文件進行了詳細檢驗,發(fā)現(xiàn)基中包含有錯誤及可疑數(shù)據(jù).該文還統(tǒng)計了SLCTBASE中主鏈鍵長、CA-CA距離、二面角的分布情況.并且提出了建庫標準:以分辨率為主要選擇依據(jù)的基礎上,采取綜合打分的方法,全面地衡量一個序列質量的高低.引入同

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