基于表型及通路的藥物重定位研究.pdf

1、傳統(tǒng)上發(fā)現(xiàn)藥物過程主要包括三個階段：發(fā)現(xiàn)、臨床前階段和臨床開發(fā)。整個過程費時昂貴，卻往往效率低下。藥物重定位正是在這種情況下提出來的，其目標是通過識別和使用已知的藥物，來治療目標疾病以外的其他疾病。以往的藥物重定位方法主要是基于藥物基因疾病的關系，而丟棄了許多重要的信息，為了解決這個問題，本文集成各種數(shù)據(jù)，從多角度推斷藥物作用，提出了兩種新的方法，來解決藥物重定位問題。
　　本研究主要內容包括：⑴提出一種基于藥物副作用和疾病臨床癥

2、狀預測藥物-疾病相關性的方法。首先基于藥物-副作用相關性、疾病-癥狀相關性，利用逆文檔頻率，建立兩個相似性網(wǎng)絡：藥物-藥物相似性網(wǎng)絡，疾病-疾病相似性網(wǎng)絡。然后，分別對藥物-藥物、疾病-疾病相似性網(wǎng)絡進行聚類，得到兩個模塊集合。根據(jù)比較毒理基因組學數(shù)據(jù)庫（Comparative Toxicogenomics Database，CTD）中存在的已知藥物-疾病關聯(lián)，建立藥物模塊與疾病模塊之間的聯(lián)系，并對藥物-疾病模塊對進行打分。最后，提取得

3、分最高的三個藥物-疾病模塊對進行分析，并預測未知的藥物與疾病之間的關聯(lián)。對于實驗結果的驗證分別從公開發(fā)表的文獻、CTD數(shù)據(jù)庫以及京都基因組百科全書（KyotoEncyclopedia ofGenes andGenomes，KEGG）等幾方面進行。⑵提出一種基于通路構建疾病-疾病相似性網(wǎng)絡（Human Pathways–Disease Network，HPDN）的方法，并將HPDN用于藥物重定位研究。首先，基于通路獲得疾病相關的基因集合。