基于最大團(tuán)求精的模體發(fā)現(xiàn)算法研究.pdf

1、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)是與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA片斷，負(fù)責(zé)啟動(dòng)基因的轉(zhuǎn)錄過(guò)程和控制基因的轉(zhuǎn)錄效率。由于轉(zhuǎn)錄調(diào)控是基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)，因此轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)和識(shí)別對(duì)于生物調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究具有重要意義。
　　本文在研究模體發(fā)現(xiàn)算法的基礎(chǔ)之上，發(fā)現(xiàn)了植入模體發(fā)現(xiàn)問(wèn)題與最大團(tuán)問(wèn)題之間的相關(guān)性，將植入模體發(fā)現(xiàn)問(wèn)題形式化為在無(wú)向圖中求解最大團(tuán)的問(wèn)題，并且提出了一種利用最大團(tuán)解決植入模體發(fā)現(xiàn)問(wèn)題的算法。基于縮小解空間規(guī)模和加速最大團(tuán)收斂速度的目的

2、，本文提出了一種基于最大團(tuán)求精的隨機(jī)投影植入模體發(fā)現(xiàn)算法。該算法通過(guò)隨機(jī)投影策略產(chǎn)生若干合格桶，并對(duì)所有的合格桶施加一個(gè)基于回溯法的最大團(tuán)擴(kuò)充求精過(guò)程，可以得到一組候選模體，最終將能夠使目標(biāo)函數(shù)值最大的模體作為最優(yōu)解輸出。
　　本文解析并給出了隨機(jī)投影參數(shù)的選擇對(duì)基于最大團(tuán)求精的隨機(jī)投影植入模體發(fā)現(xiàn)算法的影響。使用一致序列得分和相對(duì)熵兩種測(cè)度對(duì)候選模體進(jìn)行篩選，并通過(guò)性能系數(shù)和互相關(guān)系數(shù)等評(píng)價(jià)測(cè)度對(duì)算法的最優(yōu)解質(zhì)量進(jìn)行了評(píng)價(jià)。本文