Smith＆Waterman算法在脈動(dòng)陣列上的實(shí)現(xiàn)及分析.pdf_第1頁(yè)
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1、論文主要討論了Smith&Waterman算法以及在脈動(dòng)式陣列上的加速.通過(guò)對(duì)Smith&Waterman比對(duì)算法的并行化方法的考察,引出細(xì)粒度并行化方法和定制硬件,特別是脈動(dòng)式陣列;通過(guò)對(duì)脈動(dòng)式陣列的結(jié)構(gòu)和特點(diǎn)的分析,結(jié)合龍芯I號(hào)處理器的結(jié)構(gòu),設(shè)計(jì)了龍芯I號(hào)新的協(xié)處理器CP2為一個(gè)脈動(dòng)式陣列,并設(shè)計(jì)了相關(guān)的一組指令集;通過(guò)對(duì)龍芯I號(hào)的模擬器的修改,實(shí)現(xiàn)了該協(xié)處理器和指令集;在算法和系統(tǒng)結(jié)構(gòu)互相制約的基礎(chǔ)上,描述了算法在脈動(dòng)式陣列上的實(shí)

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