泥蚶微衛(wèi)星分子標記的開發(fā)與應用及生長相關基因HDAC1的克隆.pdf

1、利用泥蚶(Tegillarca granosa)磁珠富集文庫及454轉錄組文庫中的序列,分別開發(fā)了17個基因組微衛(wèi)星位點和29個EST微衛(wèi)星位點,并使用部分多態(tài)性微衛(wèi)星位點對泥蚶兩個地理群體的雙列雜交四個子代群體進行了遺傳結構分析,以期評估雜交子代的雜種優(yōu)勢,為泥蚶雜交育種、種質改良提供基礎資料;利用RACE和RT-PCR技術,克隆了泥蚶生長相關基因HDAC1,并檢測了其在不同組織的差異性表達情況,以作為泥蚶優(yōu)質苗種選育的候補基因。

2、r>　　1、泥蚶基因組SSR和EST-SSR的開發(fā)及比較研究:
　　采用SSRHunter軟件在泥蚶磁珠富集文庫和454轉錄組文庫中搜索核心序列長度12 bp以上的2-6核苷酸重復序列,根據富集文庫所得基因組SSR側翼序列設計47對引物,可成功擴增17對且均為多態(tài)性引物,多態(tài)率100％,平均等位基因數(Na)、觀測雜合度(Ho)、期望雜合度(He)、多態(tài)性信息含量(PIC)分別為6.8、0.468、0.785、0.733。1134

3、4條EST序列中得到1683個SSR位點,檢出率14.83%,平均每3.85kb出現(xiàn)1個位點。根據部分EST序列設計120對引物,62對可擴增出目的片段,其中29個位點具有多態(tài)性,多態(tài)率為46.77%,平均Na、Ho、He、PIC分別為4.2、0.372、0.554、0.500,均低于基因組SSR。雙變量相關性分析的結果表明,46個多態(tài)性SSR位點的核心序列長度與其Na、Ho、He、PIC極顯著正相關, Spearman相關系數分別為0

4、.632、0.387、0.657、0.664。
　　2、微衛(wèi)星對泥蚶兩個地理群體雙列雜交后代的遺傳結構分析:
　　泥蚶的人工養(yǎng)殖近年來遇到了諸如遺傳多樣性降低、生長性狀衰退等問題,為了評估使用雜交育種技術改良種質資源的可能性,我們培育了泥蚶兩個地理群體的雙列雜交后代作為實驗材料,使用14對SSR引物對四個后代群體的遺傳結構進行了檢測。結果顯示,兩個自交群體的平均期望雜合度和PIC值均高于雜交群體,但雜交群體的平均觀測雜合度要

5、高于自交群體。兩個雜交群體之間的遺傳分化系數(Fst)最高,達到了0.067,同時兩個自交群體之間的Fst值最小,為0.020。Nei氏無偏遺傳距離值與遺傳分化系數相一致,雜交群體之間遺傳距離最大,而自交群體之間遺傳距離最小。本研究表明了泥蚶雜交群體擁有相對較高的雜合度和遺傳變異,這為進一步的育種工作提供了基礎。
　　3、HDAC1基因的克隆和表達差異性分析
　　HDAC1可通過使組蛋白去乙?；M而調節(jié)基因表達,在細胞分化和

6、胚胎早期發(fā)育中其重要作用。利用RACE技術對從泥蚶454轉錄組文庫中檢索到的HDAC1基因cDNA片段進行擴增,經過對測序結果的拼接得到了長為2275 bp的HDAC1基因cDNA全長序列,ORF分析表明HDAC1包括26 bp的5’非編碼區(qū)(5’-UTR),1587 bp的開放閱讀框(ORF),662 bp的3’非編碼區(qū)(3’-UTR),3’序列在距離加尾信號 AATAAA246 bp處發(fā)現(xiàn)了 polyA尾巴。經生物信息軟件的分析表明