偽狂犬病毒及牛皰疹病毒5型的microRNA表達譜研究.pdf

1、偽狂犬病毒(PRV)及牛皰疹病毒5型(BHV-5)屬于α皰疹病毒亞科成員，分別引起豬的Aujeszky病及犢牛的腦膜腦炎，給畜牧業(yè)造成巨大的經(jīng)濟損失。病毒編碼的miRNA在皰疹病毒的生活史及病原宿主互作中起到非常重要的調(diào)控作用，而目前對于PRV及BHV-5所編碼的miRNA研究甚少。本研究旨在鑒定兩種病毒的miRNA表達譜，并對它們在各自潛伏感染及病原宿主互作中可能的功能進行探討。
　　 將PRV及BHV-5分別接種豬腎傳代細胞

2、系(PK-15)及牛腎傳代細胞系(MDBK)，在不同時間點收毒并提取總RNA。采用solexa測序技術(shù)，northern blot和stem-loop RT-PCR鑒定兩種病毒的miRNA表達譜。利用生物信息學方法，分析病毒miRNA針對自身及宿主靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及病毒感染對宿主miRNA表達譜的影響。
　　 高通量測序結(jié)果顯示PRV的LLT基因中約4.6kb的內(nèi)含子作為一個初級pri-miRNA，是一個能夠編碼11個不同mi

3、RNA的miRNA簇。其中7個為新鑒定的PRV所編碼的miRNA。通過stem-loop RT-PCR和northern blot對它們進行了進一步鑒定。在感染PRV后的PK-15中檢測到209個已知的和39個新的豬源miRNA。所有病毒miRNA在其5’及3’末端都展現(xiàn)出末端變化性，在7個病毒pre-miRNA的兩個臂端都檢測到成熟的miRNA，兩個病毒pre-miRNA部分重疊。此外，一個來自于末端莖環(huán)處且高豐度表達的sRNA以及一

4、個組織特異性表達的moRNA來自同一個病毒pre-miRNA(prv-miR-8)。靶基因分析結(jié)果揭示病毒miRNA能夠調(diào)控眾多自身及宿主的靶基因而形成復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。對宿主靶基因的GO富集分析表明PRV編碼的miRNA能調(diào)控復(fù)雜的胞內(nèi)通路，例如細胞死亡、免疫系統(tǒng)進程和代謝通路。
　　 研究結(jié)果證實在BHV-5基因組上的17個位點編碼11個不同的miRNA，能產(chǎn)生16個成熟的miRNA及miRNA*。與BHV-1編碼的miRNA

5、相比，兩者都有數(shù)個miRNA分別分布在UL區(qū)和重復(fù)區(qū)，但僅有一個序列保守的miRNA。在BHV-5感染前后的MDBK細胞中，分別鑒定出285個和339個已知的牛源miRNA；此外分別鑒定出336個和327個新的牛源miRNA。BHV-5感染能顯著改變宿主細胞miRNA表達譜，在有表達差異的137個牛源miRNA中有31個顯著下調(diào)，44個顯著上調(diào)。靶標分析及GO分析顯示這些差異表達的miRNA通過調(diào)控各種靶基因而牽涉到各種細胞進程。BHV