基于數(shù)學方法的病毒系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系研究.pdf

1、隨著大量生物序列數(shù)據(jù)的不斷被發(fā)現(xiàn),特別是人類基因組計劃完成以來,生物信息學作為一門新興學科,受到了越來越多研究人員的青睞,該學科的研究重點是分析和處理生物序列數(shù)據(jù),將其轉(zhuǎn)化為對人類有用的信息。在本文中,作者將介紹運用非序列比對方法和距離方法,分別對30種細小病毒和70種多瘤病毒做系統(tǒng)發(fā)育分析,并構(gòu)建出相應的系統(tǒng)發(fā)育樹,獲取有價值的信息。
　　本篇文章共分三個章節(jié)。第一章,主要介紹了生物信息學的基本概念、生物信息學的主要研究內(nèi)容、生

2、物信息學中常用到的數(shù)學方法以及本文研究對象病毒的相關(guān)理論背景知識。
　　第二章,本文提出了系統(tǒng)發(fā)生分析的理論知識:非序列比對方法和距離方法。在非序列比對方面,提出了處理序列的組分矢量方法,以及對組分矢量做進一步加工處理的動力學語言模型方法和Fourier變換方法;在距離方面,提出了關(guān)聯(lián)距離方法、對數(shù)關(guān)聯(lián)距離方法、互信息距離方法和Kullback-Leibler散度距離方法。同時對于這些方法的具體應用做了簡單的介紹。
　　第三

3、章,提出了采用選用兩種不同距離方法相加權(quán)的形式,分別計算30種細小病毒和70種多瘤病毒的距離矩陣。細小病毒,選用了對數(shù)關(guān)聯(lián)距離和互信息距離相結(jié)合的方法;多瘤病毒,選用了關(guān)聯(lián)距離和對數(shù)關(guān)聯(lián)距離距離相結(jié)合的方法。對于30種細小病毒的完全基因組DNA序列和蛋白質(zhì)編碼氨基酸序列以及70種多瘤病毒的完全DNA序列和蛋白質(zhì)編碼DNA序列運用PHYLIP包中的鄰近歸并(NJ)方法構(gòu)建出系統(tǒng)發(fā)生樹,得到了與傳統(tǒng)系統(tǒng)發(fā)生樹相一致的樹,獲得了比較理想的結(jié)果