人鼻咽癌蛋白質(zhì)組表達譜及其數(shù)據(jù)庫的初步構(gòu)建.pdf

1、鼻咽癌是我國南方常見的惡性腫瘤之一。鼻咽癌在西方國家是一種罕見的惡性腫瘤，其發(fā)病率不足1／10萬人年，而在我國南方其發(fā)病率高達 25-30／10萬人年，并且中國南方移民的發(fā)病風(fēng)險亦遠較西方本地人為高。因此，鼻咽癌明顯的種族和地域分布的特點提示鼻咽癌是一種與遺傳和環(huán)境因素密切相關(guān)的疾病。以往研究大多集中在單個或少數(shù)幾個相關(guān)基因及其蛋白質(zhì)產(chǎn)物上，難以反映鼻咽癌DNA改變的全貌。近年來也采用一些新技術(shù)如比較基因組雜交、微陣列等從DNA或mR

2、NA整體水平進行了研究，但由于DNA或mRNA的改變?nèi)圆荒芡耆从臣?xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的變化情況，并且蛋白質(zhì)還存在翻譯后修飾、轉(zhuǎn)運定位、構(gòu)象變化以及蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)或其他生物分子之間相互作用等一系列自身特有的問題，因此若能直接從蛋白質(zhì)整體入手來研究鼻咽癌，并與鼻咽癌中DNA和mRNA 的改變情況相印證，將更全面、真實地揭示鼻咽癌變的過程和本質(zhì)。 采用Sample Grinding Kit組織研磨試劑盒和組織裂解液改進了鼻咽癌這種小樣本的

3、組織抽提方法，結(jié)果表明用Sample Grinding Kit組織研磨試劑盒能有效增加總蛋白質(zhì)的抽提得率，減少了不必要的樣品損失，從而能最大限度地利用鼻咽癌組織。首次以人鼻咽癌組織為研究對象，應(yīng)用雙向凝膠電泳技術(shù)建立了分辨率高、重復(fù)性好的人鼻咽癌組織的雙向凝膠電泳圖譜，并采用肽質(zhì)量指紋和肽序列標(biāo)簽兩種質(zhì)譜技術(shù)對雙向凝膠電泳圖譜中蛋白質(zhì)斑點進行了系統(tǒng)鑒定，成功鑒定到216個蛋白質(zhì)斑點，初步建立了鼻咽癌組織的雙向電泳表達譜。應(yīng)用生物信息學(xué)方

4、法，結(jié)合ExPASy和NCBI數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)的有關(guān)信息，對所鑒定的蛋白質(zhì)進行了亞細(xì)胞定位和功能分類的初步分析。 采用Apache+MySQL+PHP軟件組合搭建了一個蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫的系統(tǒng)平臺，以人類蛋白質(zhì)組標(biāo)記語言模型為基礎(chǔ)采集了部分鼻咽癌蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，并以原生XML數(shù)據(jù)庫作為整個蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)庫后臺。系統(tǒng)內(nèi)部采用XML-RPC作為WEB服務(wù)的基礎(chǔ)，大大提高了程序編寫的速度以及程序的健壯性、可用性。系統(tǒng)以多種方式提供查

5、詢服務(wù)，使得研究人員能更為方便的得到所需要的信息，并且系統(tǒng)給出了鑒定蛋白質(zhì)的原始肽質(zhì)量指紋的模擬結(jié)果，可用來與研究人員自己的肽質(zhì)量指紋圖譜進行了比較。 以鼻咽癌組織和鼻咽正常上皮組織為研究對象，應(yīng)用雙向凝膠電泳耦聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)共發(fā)現(xiàn)和鑒定差異表達蛋白質(zhì)28個，其中上調(diào)表達蛋白質(zhì)18個、下調(diào)表達蛋白質(zhì)10個，在這些差異表達蛋白質(zhì)中，有的差異表達蛋白質(zhì)，如14-3-3，DJ-1等已在其它腫瘤中得到證實。應(yīng)用免疫組織化學(xué)技術(shù)對CK19在鼻

6、咽癌組織和鼻咽正常上皮組織進行了驗證，結(jié)果表明細(xì)胞角蛋白19在鼻咽癌組織中著色要稍強于鼻咽正常上皮組織，采用ImageJ軟件對免疫組織化學(xué)進行了細(xì)胞記數(shù)，統(tǒng)計結(jié)果有顯著差異性。這表明2-DE/MS中所觀察到的細(xì)胞角蛋白質(zhì)19的表達差異主要是由于鼻咽癌中的上皮細(xì)胞數(shù)目要高于鼻咽正常上皮組織中所致。因此，為了更精確地進行鼻咽癌組織與鼻咽正常上皮組織中蛋白質(zhì)的表達差異，有必要對組織標(biāo)本的細(xì)胞進行純化如用LCM進行組織細(xì)胞純化，然后用同一類型的